001武藤遊戲

遊戲最初是一個自卑懦弱、沒有朋友的少年。在8年前他的爺爺送給了一個從埃及帶回來名為「千年積木」寶物。8年的時間裏遊戲不斷拼湊著積木，在即將拼好之際卻發現少了一塊積木，原來這一塊積木被他的同學城之內克也扔進了河裏。這時風紀委員牛尾哲以替遊戲報仇為借口揍了城之內一頓並以此勒索遊戲，遊戲為了保護城之內也遭到了牛尾的毆打。城之內深受感動，幫助遊戲把最後一塊積木從河裏撿了回來，讓遊戲拼好了積木。在拼好積木之後，遊戲的體內開始出現了「另一個自己」，每當自己遇到危險時，「另一個自己」就會出現，用「黑暗遊戲」打倒並懲罰對方。遊戲也和城之內克也、本田廣以及真崎杏子成為了好朋友。[2]

遊戲的爺爺是一名遊戲痴迷者，經營著一家名叫做「龜遊戲店」的店鋪。某一天突然流行起來的決鬥怪獸卡，引起了海馬集團的董事長、天才少年海馬瀨人的覬覦。面對被奪走的「青眼白龍」，遊戲與「另一個自己」向海馬發出挑戰。[1]

DEATH-T篇

海馬集團的董事長、天才少年海馬瀨人對於輸給遊戲一事一直耿耿於懷，為了復仇打倒遊戲，他早就準備好了一切。首先從世界各地搜集了3張「青眼白龍」，其後強迫遊戲的爺爺武藤雙六用海馬集團新開發的立體影像系統與其決鬥，在打倒武藤雙六后奪走他的「青眼白龍」並且撕毀，遭到打擊的爺爺倒地不起被送到醫院。[3]

得知情況的遊戲來到海馬集團，為了向身處大樓頂層海馬挑戰，與城之內、本田、杏子等朋友們開始了對一個個「死亡遊戲」的發出挑戰。最後遊戲成功來到頂層，用爺爺的卡組與擁有3張「青眼白龍」的海馬展開對決，召喚出無敵的怪獸「艾克佐迪亞」擊敗海馬，粉碎了海馬的心之暗。（在朝日版的動畫中被刪減到只剩一集）[4]

RPG篇

班上新來了一個轉學生貘良了，與遊戲等人成為了朋友。貘良邀請遊戲等人來家中玩RPG遊戲。在遊戲進行中，遊戲等人昏了過去，醒來后發現自己變成了RPG遊戲中的角色，而暗遊戲此時現身，發現貘良的身體正被他所佩戴的「千年智慧輪」中的邪惡人格操縱，遂與暗貘良展開了黑暗遊戲的對決。最終眾人齊心協力，在RPG棋盤內擊敗魔王索克，使表貘良奪回了身體，打倒了暗貘良。（動畫版中被改編為決鬥者王國中的一集）[5]

決鬥者王國篇

國際幻象社董事長帕加索斯·J·克羅佛多覬覦海馬集團的立體影像技術，想通過收購海馬集團得到它。但海馬集團董事會的五巨頭開出了一個條件，那就是必須打敗海馬的宿敵遊戲。於是帕加索斯用神器「千年眼」的黑暗力量綁架了武藤雙六的靈魂，強迫遊戲參加自己主辦的「決鬥者王國」大賽。遊戲想救出爺爺，就必須贏得比賽的冠軍並打倒帕加索斯。為此遊戲一路過關斬將，得以與帕加索斯展開決鬥。帕加索斯利用能夠看穿對手心理的「千年眼」佔據優勢，但最後被遊戲用人格交替的手法破解。最終遊戲儀式召喚出「黑混沌之魔術師」，擊破了帕加索斯的終極王牌「千眼納祭魔」，救出了被帕加索斯封印的靈魂（在漫畫中，帕加索斯被暗貘良殺死並奪走千年眼）。[5]

DDD篇

班上新來的轉學生御伽龍兒，奪走了遊戲的千年積木，要挾遊戲用自己開發的新遊戲「DDD」龍骰格鬥（動畫版稱為DDM）對決，目的是替因在遊戲中輸給雙六而毀容的父親報仇。表遊戲為了奪回積木而戰，並在這場第一次玩的遊戲中打倒了御伽。（動畫版進行了大量改編，將御伽的戰鬥理由改為替帕加索斯復仇，而奪走千年積木要挾表遊戲則改成為被馬利克操控的基斯）[6]

戰鬥城市篇

暗遊戲在美術館看見了一塊刻有自己、海馬、青眼白龍、黑魔導的古埃及石板，意識到了自己之所以不知道自己是誰的原因，即為自己的記憶在三千年前也隨着自己的靈魂被封印了，他決定尋找自己遺失的最重要的記憶，而這個方法就是集齊由帕加索斯創作的「三幻神」卡。

另一邊，守墓一族的傳人馬利克為了向法老王復仇，組建了稀有卡狩獵集團「古魯斯」。他的姐姐伊西絲·伊修達爾為了阻止自己的弟弟對法老王展開的復仇，將「三幻神」中的「歐貝利斯克的巨神兵」交給海馬，希望他能利用海馬集團的力量引出馬利克並阻止他的yin謀。海馬為了從遊戲處奪回「決鬥王」的稱號，在童實野市舉辦「決鬥都市」大賽。暗遊戲與城之內克也等人都參加了比賽。暗遊戲擊敗了使用盜版「艾克佐迪亞」的獵人與同樣使用「黑魔術師」的魔術師潘多拉，其後在馬利克操控的默劇演員手中奪得了「奧西里斯的天空龍」，並且與海馬聯手擊敗了前來襲擊的數名「古魯斯」獵人。

但城之內克也被馬利克控制，在碼頭中強迫暗遊戲進行決鬥。表遊戲不忍暗遊戲與城之內自相殘殺，願意犧牲自己讓城之內獲勝。最後城之內恢復理智，成功將遊戲解救出來。

「決鬥都市」的8強比賽改為在海馬集團的飛艇上進行。暗遊戲首先用「奧西里斯的天空龍」擊敗了暗貘良。在4強比賽中，遊戲擊敗了海馬，海馬將「歐貝利斯克的巨神兵」與「惡魔的聖域」交給了遊戲。決戰中與馬利克操控的「太陽神的翼神龍」展開了激斗，遊戲成功擊敗馬利克，將馬利克的黑暗人格埋葬，也終於將「三幻神」齊集。[7]

王之記憶篇

暗遊戲得到自稱是夏迪派來的使者的男人波巴沙的指引，進入了自己與「黑暗大神官」阿克納帝的記憶組成的「王之記憶」世界中，與暗貘良展開了「究極的RPG」黑暗遊戲。另一方面，想要幫助另一個自己的表遊戲，與朋友們一起進入了這個RPG遊戲的世界中。暗遊戲作為法老王和盜賊王貘良展開激戰，在即將擊敗貘良之際，卻被大邪神的沙漏影響而落敗。

大邪神索克終於復活了，一眾神官和法老王奮力抵抗著索克的進攻，但是全部都被打敗，連「三幻神」都無法抵抗索克的力量。

另一方面，表遊戲與朋友們在陵墓中苦苦尋找著則尋找法老王的真名，卻遭遇埋伏已久的暗貘良襲擊，表遊戲與貘良展開決鬥。貘良將表遊戲逼入絕境，但最後表遊戲反敗為勝，徹底消滅了暗貘良的最後人格。其後得到真名的眾人一同前往戰場，並告訴了暗遊戲他的真名——阿圖姆。阿圖姆將「三幻神」奉獻召喚出「光之創造神哈拉克提」，徹底消滅了大邪神索克，贏得了這場究極黑暗遊戲的勝利。

潛藏在塞特心中的黑暗在最後一刻爆發出來，幾乎將阿圖姆完全消滅。但塞特在琪莎拉的幫助下最終戰勝了黑暗的心，阿圖姆將王位交託給塞特，拜託他成為一名好的法老王，王之記憶篇結束。

決鬥之儀篇

阿圖姆為了回到冥界，被伊西斯與馬利克告知需要在冥界之門前進行決鬥儀式，讓冥界之門判定自己的去向，而決鬥的對手就是自己的夥伴武藤遊戲。兩人傾盡全力展開了對決。最後阿圖姆試圖用「死者蘇生」復活「奧西里斯的天空龍」，但遊戲打開了之前封印着「死者蘇生」的「封印之黃金櫃」。阿圖姆明白遊戲的心意，最後由遊戲獲得了勝利，他已經超越了阿圖姆，成為真正的自己。阿圖姆向眾人道別，回到昔日的同伴身邊，隨着冥界之門的關閉，七件神器也永墜地獄。而成長為唯一的自己后的遊戲擦掉了眼淚，開始了新的故事。

後傳：THEDARKSIDEOFDIMENSIONS

跟暗遊戲的最後決鬥結束后一年，遊戲他們看似已經重返日常。

那時面前出現神秘少年「藍神」。同時，全世界不斷發生神秘失蹤事件。海馬則一心只顧尋找千年積木。

幾塊拼圖全部拼合之時，決鬥的序幕又再次揭開了！

動畫原創

虛擬世界篇

成功打倒帕加索斯后，海馬瀨人回到了海馬集團，隨後發現五巨頭與帕加索斯接觸的yin謀。為了奪回海馬集團，海馬接受了五巨頭的條件，進入虛擬世界中進行戰鬥。如果在戰鬥中失敗，就會永遠被困在虛擬世界。

海馬瀨人的弟弟海馬圭平為了解救受困的哥哥，找到了遊戲等人。遊戲等人進入了虛擬世界，與海馬匯合。

面對五巨頭召喚的「五神龍」，遊戲與海馬共同戰鬥，遊戲將自己的「混沌戰士」和海馬的「青眼究極龍」融合誕生了「究極龍騎士」，成功擊敗了「五神龍」。

乃亞篇

發生在決鬥都市8強比賽后前往半決賽的地方的時候，突然從海底浮出了巨大的要塞阻止了眾人的前行。作為海馬瀨人的養父海馬剛三郎的親生兒子乃亞，因為對海馬逼死了他的父親而懷恨在心，所以他將海馬等人劫入要塞並由連接終端拖入一個虛幻的電腦世界裏進行決鬥，想要報一箭之仇。在那個世界裏危機重重，之前被困在虛擬世界的海馬集團五巨頭也為乃亞效力，在各處埋伏，想要奪取他們的身體回到現實世界。海馬在與乃亞的決鬥中為了能夠救弟弟海馬圭平而放棄打敗乃亞的機會被變成石像，暗遊戲接替海馬繼續進行決鬥。在決鬥的過程中朋友們都被變成石像，但遊戲仍然相信彼此的羈絆，最終打敗了乃亞。其後海馬也打敗了潛藏於電腦世界的海馬剛三郎，使大家脫離了危險。[8]

多瑪篇

一萬年前，亞特蘭蒂斯得到了名為「山銅」的物質，創造了偉大的文明。但「山銅」的力量卻讓人們慢慢變得腐朽，最後成為怪物，國王達姿在親手斬殺變成怪物的王后之後，自己也成為了「山銅」的代理人，將亞特蘭蒂斯毀滅。

在「決鬥都市」大賽獲勝的武藤遊戲帶着3張神之卡在記憶石板前準備進行儀式，但石板卻被黑暗力量冰封，其後神秘組織「多瑪」的「三劍客」突然出現並搶去了神之卡。遊戲等人面對無法破壞的「山銅結界」處境非常艱難。

「多瑪」組織的目的是利用一萬年前出現的「山銅」的力量，使用「山銅結界」奪取決鬥敗者的人的靈魂為祭品，從而使潛藏於地球深處的黑暗之神蘇醒，實現最終目的——清洗整個腐朽的世界。世界發生了異象，遊戲也遭受到襲擊。遊戲在夢中受到決鬥怪獸精靈「黑魔術少女」的引領，獲得了「傳說之龍蒂邁歐」的力量。

得到了帕加索斯邀請，遊戲與夥伴踏上了美國的土地。在此期間城之內和海馬相繼獲得了「傳說之龍」的力量。帕加索斯將1張「無名之卡」叫給了遊戲，提示會解開「傳說之龍」真正面目。

暗遊戲在與「三劍客」之一的拉斐爾的決鬥中迷失了自我，發動了「山銅結界」，將「蒂邁歐」消滅，身懷黑暗的他最終被拉斐爾打敗，在靈魂即將被封印之際，表遊戲用「千年積木」打破結界，代替了暗遊戲接受封印。憤怒的暗遊戲踏上尋找夥伴的旅程。最終得到了達姿的父親鐵心和女兒克里斯的幫助，重新復活了「傳說之龍蒂邁歐」。在「多瑪」分部的樓頂中，暗遊戲操縱兩條「傳說之龍」將拉斐爾打敗。

遊戲與海馬趕赴最後決戰之地，面對使用三重「山銅結界」的達姿，海馬也倒下了。但遊戲並沒有放棄，最後在羈絆的力量下喚醒了3條「傳說之龍」的真面目「傳說之騎士」，將黑暗之神打敗。

最終暗遊戲心中的記憶容器將達姿的黑暗完全吞噬，達姿與父王和女兒重歸亞特蘭蒂斯，「傳說之騎士」則完成任務回到決鬥怪獸世界。[9]

KC杯決鬥大賽篇

由於海馬集團被盜取了卡片資料，聲譽再次陷入低谷。為了挽回公司的聲譽，也是為了實現海馬瀨人與弟弟海馬圭平在童年時候的夢想，在美國新建成的海馬樂園舉辦的「KC」杯決鬥大賽。武藤遊戲等人為了挽回海馬集團的聲譽（與圭平的邀請外加回國機票）也參加了此次比賽，而遊戲則作為「決鬥王」參加最後的冠軍賽。此時，一個巨大的yin謀正在蠢蠢欲動，那就是海馬集團的競爭對手——修雷達公司意圖通過破壞本次比賽並將海馬集團一舉打倒。海馬最後打敗了修雷達公司的董事長吉克，正當他以為一切已經解決了的時候，沒想到吉克安排的最後王牌——他的弟弟雷恩闖入了最後的冠軍賽，並且在不知情的情況下啟動了破壞海馬公司的病毒。暗遊戲再次發揮實力，完滿解決了事件。[10]

遊戲王GX

在第1集中，在公園裏遇見游城十代，將「羽翼栗子球」送給了他。

在179集中，引導遊城十代穿越時空與過去的自己決鬥，為十代找回享受決鬥的心。[11]

劇場版動畫

光之金字塔

決鬥都市大賽結束后，武藤遊戲成為了首屆的決鬥王，並且得到傳說中的3張神之卡，引起了無數決鬥者的紛紛挑戰。另一方面，不甘落敗的海馬瀨人找上了決鬥怪獸卡之父——帕加索斯，逼問擊敗神之卡的方法......

在地球另一邊的埃及陵墓，隨着古墓的開啟，黑暗的力量再次回到地上，三千年前的宿命之戰再次揭開序幕......

遊戲與海馬再次進行決鬥，海馬誘導遊戲召喚出「三幻神」。隨後「三幻神」被海馬的「光之金字塔」完全粉碎，海馬還將「青眼究極龍」進化成「青眼光龍」，將遊戲逼入絕境。

而在此時邪惡的敵人阿努比斯蘇醒了，在「光之金字塔」的力量下接連召喚出強大的「斯芬克斯」怪獸。遊戲利用了海馬的卡，將墓地的被除外的「三幻神」再次復活，擊敗了阿努比斯。[12]

超融合！超越時空的羈絆

新童實野市面臨毀滅的危機，為了探尋「星塵龍」被奪走的真相，紅龍的力量讓不動遊星從遙遠的未來穿越到過去......[13]

精靈決鬥者游城十代，遇到了操控強大怪獸的神秘敵人。屢次抵擋住攻擊的十代，在敵人呼喚出白色的龍的瞬間感到不妙了......

正在市中心廣場等待活動開始的武藤遊戲，突然遭到神秘怪獸的襲擊，會場瞬間變成了廢墟......

與穿越時空而來的兩位後輩決鬥王游城十代與不動遊星，三人共同對抗從各個時代收集強力怪獸、號稱史上最強的敵人——帕拉多克斯，為挽救世界進行了決鬥。

遊戲用奇妙的戰術為遊星奪回了「星塵龍」，並且破壞了「罪矛盾龍」。並肩作戰的三人被帕拉多克斯的強大「罪真實龍」打得偏體鱗傷，但遊戲在十代的配合下用「栗子球」抵擋住「罪真實龍」的致命攻擊。

最終三人的羈絆戰勝了帕拉多克斯，挽救了破滅的未來，三人在夕陽下道別。[14]

遊戲王R

和動畫版設定不同的另一個世界線的故事——「天馬動亂篇」。帕加索斯的養子天馬夜行被基斯·霍華德欺騙，以為帕加索斯是被遊戲所殺，決心對遊戲實行復仇。他綁架真崎杏子，並意圖利用帕加索斯的遺產——「三邪神」之力讓帕加索斯以杏子的身體為容器復活。為了救出杏子，遊戲與城之內、本田一同進入被夜行佔領的海馬集團大樓，而夜行的雇傭兵——十三位「卡片專家」正等候着遊戲一行，遊戲等人只有用決鬥擊敗對方才能繼續前進……

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